機械電子工程系由原吉林工業大學機械電子工程專業、流體傳動與控制專業及原長春科技大學相關專業整合而成。2007年，機械電子工程被遴選為首批一級學科國家重點學科，2017年，統籌建設的機械電子工程學科被遴選為國家國防特色學科。近年來新增空海一體化智能平台、無人機設計及運用等研究方向。建有機械電子工程博士點、機械工程博士後流動站。承擔工學專業基礎課《工程流體力學》及專業必修課《控制工程基礎》《機電系統控制技術與實踐》《液壓與氣壓傳動》等主幹課程。
本系現有教師和實驗技術人員25人，88%教師具有博士學位，64%的教師在45周歲以下，是一支以中青年骨幹教師為主體，朝氣蓬勃的高學曆、高水平學科團隊。22名教師中有教授5人，副教授14人，講師3人，教師中具有博士學位的21人。現有專任及實驗教師3人，其中正高級職稱1人，高級工程師2人。
本系主要研究方向為：流體傳動與控制，工程機械液壓傳動，工程機器人，空海一體化智能平台、無人機設計及運用。
近年以來，承擔了一批國家“863”項目，國家“709”項目，國家自然科學基金項目，國家重點研發計劃、全軍重大科技攻關項目及總後勤部、總裝備部項目等，科研經費總計達2202.5萬元。獲得部省級獎3項、省級教學成果獎1項，中國石油化學工業優秀科技圖書一等獎1項。在學校“九·五”、“十·五”、“211工程”和“985”二期工程建設過程中，該學科得到了重點建設，共投入建設資金618萬元，所建的試驗設備達到了國内一流水平。
我系與日本東北大學、山形大學、岐阜大學、加拿大薩斯格功溫大學、多倫多大學等國外高校，以及國内浙江大學、哈爾濱工業大學等具有高水平的同類學科的高校保持着密切的學術交流與長期協作關系。
近年來，我系培養的各層次學生基礎紮實，知識面寬，動手能力強，普遍受到用人單位的好評。